Sa mission est d’accompagner les organisations de la société civile pour une meilleure participation à la formulation, la mise en œuvre et le suivi évaluation des politiques publiques.
En 2016, AMSED est à nouveau accréditée par l’Alliance Internationale de Lutte contre le SIDA (aujourd’hui renommée Frontline AIDS) comme une organisation ayant une bonne gouvernance et une excellente gestion organisationnelle, conforme aux meilleurs critères de bonne pratique dans les programmes VIH et détenant une expertise spécialisée dans les domaines de la prévention du VIH, et du VIH et droits humains.
Depuis 2018, AMSED est aussi ONG nationale accréditée auprès de l’Organisation International de la Francophonie.